南京军区南京总医院是一所医教研协调发展的大型现代化综合性医院。1994年首批被评为“三级甲等医院”，1995年江泽民总书记为医院题词“弘扬白求恩精神，建设现代化医院”。1999年获得“全国百佳医院”称号，2000年在全国医院系统首家设立博士后科研工作站，2011年临床医学专业被批准为全军同类医院中唯一的博士授权一级学科。2002年被批准独立招收博士后。拥有博士研究生培养学科和专业11个，硕士研究生培养学科和专业35个。2003年，医院内科学、外科学被国务院学位委员会、教育部批准为博士学位授予权学科。同年医院荣获“全国拥政爱民模范单位”称号。2004年成为军队博士后管理信息中心。

医院是南京大学医学院临床学院，第二军医大学、南方医科大学临床医学院，承担十多所高等医学院校的教学任务，完成大专生、本科生、硕士生、博士生和博士后全系列教学、临床带教和人才培养任务